Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение г. Астрахани «Гимназия №2» - сравнительно молодая школа, она была построена в 1988 году как средняя общеобразовательная школа № 17 в спальном микрорайоне новостроек (акт государственной приемочной комиссии от 28.09.1988, решение Горисполкома № 310-щ от 30.09.1988 г.). С началом демократических преобразований в стране школа получила возможность выбора образовательной программы и с 1991-1992 учебного года перешла на углубленное изучение предметов художественно – эстетического цикла. Одновременно в школе открылся филиал детской школы искусств №2.
По результатам образовательной деятельности в октябре 1992года школе был присвоен статус гимназии с углубленным изучением предметов художественно – эстетического цикла. Приказом №266 от 2.11.1992 года отдел образования администрации города Астрахани присвоил гимназии порядковый №2. В 2008 году гимназия была аккредитована как учреждение, осуществляющее углубленное гуманитарное образование (приказ Министерства образования Астраханской области от 17.03.2008 № 284). Этому изменению предшествовал переход на новый базисный (2004) учебный план и внесение изменений в типовое положение (2005) об общеобразовательном учреждении.
В 2011 году постановлением мэра г. Астрахани № 5303 от 24.06.2011 МОУ «Гимназия №2» была реорганизована путем присоединения МДОУ «Детский сад комбинированного вида №59». Приказом комитета по образованию и науки администрации г. Астрахани от 10.10.2011 № 08-07-515 гимназия была переименована из муниципального общеобразовательного учреждения «Гимназия №2» (МОУ «Гимназия №2») в муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение г. Астрахани «Гимназия №2».